Akvaryum Koyu, doğal güzellikleri ve ekosistem açısından önem taşıyan bir bölge olarak korunmaktadır. Bu yer, hem benzersiz su özellikleri hem de çevresindeki doğal yaşamı koruma amacıyla özel bir statüye sahiptir. Doğal yapısının bozulmaması, bölgedeki türlerin yaşam alanlarının sürdürülebilirliği açısından kritik bir öneme sahiptir. Akvaryum Koyu, ziyaretçilerine sunduğu eşsiz doğa deneyimi ile aynı zamanda ekolojik dengeyi koruma çabalarının da bir sembolüdür.

Akvaryum Koyu'nun doğal sit alanı olarak korunmasının birkaç nedeni vardır:

• Berrak ve temiz su: Akvaryum Koyu, suyunun olağanüstü berraklığı ve içindeki deniz canlılarının çıplak gözle rahatlıkla izlenebilmesi nedeniyle bu ismi almıştır.
• Doğal yapının korunması: Bölgede herhangi bir yapılaşma veya betonlaşmaya izin verilmemesi, doğallığın korunmasına katkı sağlar.
• Ekolojik denge: Caretta Caretta gibi hassas canlıların yaşam alanı olması, bölgenin koruma altında olmasını gerektirir.
• Çevre hassasiyeti: Bozcaada Belediyesi ve yerel halkın doğayı koruma konusundaki hassasiyeti, yapılaşmaya izin verilmemesini destekler.

Akvaryum Koyu'nda gecelemek, çadır kurmak veya mangal yakmak çevre koruma kuralları gereği yasaktır ve cezai işleme tabidir.