Akvaryum Koyu, eşsiz doğal güzellikleri ve göz alıcı su altı yaşamıyla dikkat çeken bir bölge olarak tanınır. Koyun ismi, bu etkileyici özelliklerinden kaynaklanmaktadır. Ziyaretçilerin aklında kalıcı bir iz bırakan berrak sular ve rengarenk deniz canlıları, burayı adeta bir akvaryum gibi gösterir. Bölgenin doğal yapısı, denizle çevrili kayalık alanlar ve mermer dokulu taşlar, burayı dış dünyadan izole bir cennet haline getirir.

Akvaryum Koyu'nun adının neden Akvaryum olduğuna dair birkaç farklı açıklama bulunmaktadır:

• Berrak sular ve su altı yaşamı: Bu koy, kristal berraklığındaki suları ve zengin deniz altı yaşamı ile bir akvaryumu andırır. Özellikle şnorkelle yüzme ve dalış meraklıları için idealdir.
• Doğal yapı: Bozcaada'daki Akvaryum Koyu, çevresindeki yüksek kayalıklar ve beyaz mermer dokulu taşlar sayesinde dış dünyadan izole bir doğal havuz gibidir.
• Adalıların kullanımı: Adalılar, bu koydan "Mermer Burnu" olarak bahsederler. Ancak gelen gidenler, denizin berraklığını ve balıkların bolluğunu görünce koya Akvaryum Koyu demeye başlamışlardır.

Ayrıca, Bodrum Akvaryum Koyu da adını aynı şekilde, berrak suları ve çeşitli deniz türlerini barındıran su altı dünyasıyla bir su altı akvaryumu gibi görünmesinden almıştır.