Agassiz Gölü, tarih öncesi dönemde meydana gelen büyük iklim değişikliklerinin bir sonucudur. Son Buzul Çağı'nın sona ermesiyle birlikte, devasa buz kütleleri erimeye başladı ve bu süreç, geniş alanlarda su birikintilerinin oluşmasına yol açtı. Bu doğal olay, bölgedeki topoğrafyanın şekillenmesiyle birleşerek, Agassiz Gölü'nün ortaya çıkmasına zemin hazırladı. Göl, çevresindeki toprakları besleyen ve bölgenin ekosistemini dönüştüren önemli bir su kaynağı haline geldi.

Agassiz Gölü, son Buzul Çağı'nın sonlarında, eriyen buzul sularının birikmesiyle oluşmuştur. Oluşum süreci şu şekilde gerçekleşmiştir:

• 30.000 yıl önce, Kuzey Amerika'yı kaplayan buzullar erimeye başladı.
• Güneyden kuzeye doğru ilerleyen erime, etraftaki yükseltilerin arasında birikerek doğal bir baraj gölü oluşturdu.
• Baraj, kuzeydeki dev buzullardı.
• Günümüzden 13.000 yıl önce, biriken sular Manitoba, Batı Ontario, Kuzey Minnesota, Kuzey Dakota'nın doğusu ve Saskatchewan'ı büyük ölçüde doldurdu.

Göl, 440.000 km²'lik alanıyla Hazar Denizi'nden bile büyüktü.