Amik Ovası'nın ekosistem dengesi, tarihsel olarak su kaynaklarıyla şekillenen bir bölge olmasına rağmen, Amik Gölü'nün kurumasıyla ciddi şekilde bozulmuştur. Bu durum, tarım alanları ve yerel biyolojik çeşitliliğin yanı sıra, bölgenin su döngüsünde de kalıcı değişikliklere neden olmuştur. Gölün yok olması, birçok doğal sürecin dengesini alt üst ederken, tarım uygulamalarının da sürdürülebilirliğini tehlikeye atmıştır.

Amik Ovası'nın ekolojik dengesi, Amik Gölü'nün kurutulmasıyla olumsuz etkilenmiştir. Etkilerden bazıları:

• Tarım arazileri ve tarımsal üretim: Kurutma sonrası elde edilen tarım arazileri, başlangıçta tarımsal üretimde artış sağlamış, ancak su tüketimi fazla olan bitkilerin yetiştirilmesi, yer altı sularının tükenmesine yol açmıştır.
• Ekolojik denge: Gölün yok olması, endemik bitki türleri ve hayvan varlığının azalmasına neden olmuş, kuş göç yolları üzerinde olumsuz etkiler görülmüştür.
• Sel ve taşkınlar: Yolu değiştirilen sular, bazı yerleşim yerlerinde sel ve taşkınlara yol açmıştır.
• Toprak verimliliği: Verimli tarım arazileri, zamanla verimsiz hale gelmiş ve çiftçiler bu alanları tarım dışı amaçlarla kullanmaya başlamıştır.
• Kuraklık: Kuruyan göl yatağı, tuzlu ve zehirli tozların yayılmasına neden olmuş, bu da bölgedeki halk sağlığını tehdit etmiştir.